O processo de mobilização para a instituição do CBH Parnaíba começou a se desenvolver em 1999, por iniciativa de entidades da sociedade civil, que deram início ao trabalho de sensibilização e esclarecimento sobre os problemas da bacia.
Em 2004, a partir das discussões públicas realizadas para a elaboração do Plano Estadual de Recursos Hídricos do Piauí surge a proposta de criação do CBH Parnaíba.
Em 2011, por iniciativa da Justiça Federal do Maranhão, foi formada a Comissão Interinstitucional Pró-comitê da Bacia Hidrográfica do Rio Parnaíba, tendo suas atividades encerradas em 2012. Neste mesmo ano foram criadas também as Comissões Estaduais Pró-Comitê da Bacia Hidrográfica do Rio Parnaíba, no Piauí, Ceará e Maranhão, compostas por representantes dos poderes públicos estaduais, organizações da sociedade civil e dos setores usuários. No ano de 2014 teve início a organização dos documentos técnicos e cumprimento dos pré-requisitos necessários à criação do CBH Parnaíba estabelecidos legalmente.
Em 2015 ocorreram as audiências no Congresso Nacional e nas Assembleias Legislativas dos Estados do Piauí e Maranhão. Em 2016 foi realizada uma reunião dos membros da Comissão Interestadual Pró-Comitê CBH do Parnaíba, com a presença de representantes da ANA e dos governos estaduais dos três Estados, ocasião em que foi apresentada e aprovada a proposta do “Pacto para a Gestão Integrada dos Recursos Hídricos da Bacia Hidrográfica do Rio Parnaíba”, que tinha como objetivo central definir o arranjo institucional das atribuições compartilhadas e da garantia de funcionamento do CBH Parnaíba.
Em 2018, sob a denominação de “Acordo de Cooperação Técnica para Gestão Integrada das Águas na Bacia Hidrográfica do Rio Parnaíba”, o referido pacto foi firmado entre o Governo Federal, os Estados do Piauí, Maranhão e Ceará e os Comitês de Bacia com atuação na bacia hidrográfica do rio Parnaíba. No mesmo ano, durante a 40ª Reunião Extraordinária, o CNRH aprovou a proposta de instituição do CBH Parnaíba por meio da Resolução CNRH nº 194/2018 e a encaminhou ao Presidente da República que instituiu o CBH Parnaíba por meio do Decreto nº 9.335, de 5 de abril.
Em junho de 2018, o CNRH designou os membros de sua Diretoria Provisória (Portaria n° 1/2018), com a missão de coordenar a mobilização e o processo eleitoral para a instalação do Comitê, além de elaborar seu primeiro Regimento Interno. Para tanto foi constituído um Grupo de Apoio, formado de 11 membros, com a função de auxiliar no desenvolvimento de suas atividades. O referido grupo conta com a representação da ANA, do Ministério do Desenvolvimento Regional e dos segmentos de usuários, da sociedade civil e do poder público dos três Estados da Bacia.
Em 2019 foi iniciado o processo de mobilização social para a instalação do CBH Parnaíba, o qual teve que ser interrompido em 2020, devido à pandemia de Covid-19. Neste ano, os trabalhos de retomada foram iniciados e encontram-se em execução.
